Atualmente, Cunha se encontra detido no presídio de Bangu 8, após ser transferido em maio do Complexo Médico Penal de Pinhais, no Paraná, onde estava preso pelos crimes de corrupção passiva, lavagem de dinheiro e evasão de divisas.
A Secretária de Administração Penitenciária do Rio de Janeiro (Seap-RJ) confirmou ter sido acionada para elaborar um laudo médico sobre a saúde de Cunha para responder as alegações trazidas pela defesa e pelo Ministério Público do Rio. O processo de execução penal contra Cunha corre em segredo de Justiça e a defesa não quis comentar o assunto.
Cunha está detido desde maio na Penitenciária Pedrolino Werling de Oliveira, conhecido como Bangu 8, no Rio. A defesa obteve a transferência pela Justiça Estadual do Paraná a pedido do advogado Rafael Guedes, que sustentou que o ex-presidente da Câmara tinha o direito de ficar mais próximo da família.
Preso desde 19 de outubro de 2016, quando foi alvo de prisão preventiva no âmbito da Lava Jato, Cunha foi sentenciado a 14 anos e seis meses de prisão pelo Tribunal Regional Federal da 4ª Região (TRF-4), o Tribunal da Lava Jato, por suposta propina de US$ 1,5 milhão envolvendo a compra de um campo petrolífero em Benin, na África, pela Petrobras, em 2011.
Na primeira instância, o ex-presidente da Câmara foi condenado pela justiça federal de Brasília a 24 anos e dez meses de prisão por desvios de recursos do Fundo de Investimentos do Fundo de Garantia por Tempo de Serviço (FGTS).
Apesar do novo entendimento sobre a execução de pena após julgamento em segunda instância, Cunha não foi solto devido a pedidos de prisão preventiva que ainda o proíbem de responder às acusações em liberdade. Em agosto, o Supremo Tribunal Federal manteve um dos mandados contra Cunha imposto pela 14ª Vara Federal do Rio Grande do Norte.