Pazuello assumiu o Ministério da Saúde depois de uma crise entre ministros. Por discordar de especialistas sobre a condução da pandemia, o presidente Jair Bolsonaro (PL) exonerou Luiz Henrique Mandetta e Nelson Teich do comando da pasta.
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O general, que era considerado mais manipulável e tinha ideias parecidas com as do presidente, assumiu o comando do ministério. Ele foi ministro da Saúde entre 2020 e 2021. Em 1º de junho de 2021, foi designado por Bolsonaro como secretário de Estudos Estratégicos da Secretaria de Assuntos Estratégicos.
Pazuello ficou marcado pela condução da pandemia do Brasil, que teve mais de 600 mil mortos.
O agora deputado federal chegou a depor na Comissão Parlamentar de Inquérito (CPI) da COVID. Ele foi apontado pelos senadores por um dos responsáveis pela crise que aconteceu no Amazonas, onde centenas morreram sem oxigênio.