Neste período de transição, Padilha atuou na aprovação do texto-base da PEC (proposta de emenda à Constituição) da Gastança na Câmara e também está acompanhando a definição das demais indicações para os ministérios que serão comandados por aliados do governo.
Segundo pessoas próximas ao governo, Lula já vê clima para novos anúncios do seu governo com a PEC aprovada. O presidente eleito também vê a necessidade de anunciar Padilha para organizar a articulação politica, sobretudo na relação com o presidente da Câmara, Arthur Lira (PP-AL).
Padilha acompanhou Lula em diversos encontros com empresários durante a campanha eleitoral, e chegou a ser cotado inclusive para o comando do Ministério da Fazenda.
Ajudou ainda a organizar atos da Frente Ampla que se formou em torno de Lula, com figuras como Henrique Meirelles e Simone Tebet (MDB).
Sua maior missão será azeitar a relação do Palácio do Planalto com o Congresso Nacional, em um quadro em que a base de deputados eleitos considerados fiéis a Lula varia de 130 a 215, de um total de 513, de acordo com diversos analistas políticos. E em que o governo enfrentará uma oposição radical liderada por Jair Bolsonaro (PL).
Médico infectologista formado pela Unicamp, Padilha foi ministro em outras duas oportunidades.
No segundo governo de Lula, ele assumiu a mesma pasta da Secretaria de Relações Institucionais entre 2009 e 2010. Em 2011, na gestão de Dilma Rousseff (PT), comandou o Ministério da Saúde, sendo o responsável pela implantação do programa Mais Médicos.
Quando cuidou da articulação política no governo de Lula, Padilha articulou a aprovação de diversos projetos de iniciativa do Executivo, como o marco regulatório do Pré-Sal, a lei de regulamentação do Fundeb (Fundo de Manutenção e Desenvolvimento da Educação Básica), o Estatuto da Igualdade Racial, a Lei de Consórcios Públicos, a Lei das PPPs, a Lei Nacional de Saneamento e o Fundo Nacional de Habitação e Interesse Social.
Coordenou também a implantação de programas como o Minha Casa Minha Vida, o Bolsa Família e o PAC (Programa de Aceleração do Crescimento) com governos estaduais e municipais. Os programas viraram as principais marcas do governo Lula.
Na época, ele coordenou ainda o diálogo com empresários e trabalhadores que integravam o Conselhão – o que fez com que acompanhasse Lula em encontros com diversos deles na campanha eleitoral. Na primeira passagem pela Secretaria das Relações Institucionais, Padilha ajudou a formar o arco de alianças para a campanha presidencial de Dilma.
No governo da petista, deixou uma marca importante ao criar o Mais Médicos, que chegou a ter 18 mil profissionais da saúde em atuação, atendendo a cerca de 60 milhões de brasileiros por meio do SUS (Sistema Único de Saúde).
Em 2014, foi candidato ao governo de SP pelo PT, mas foi derrotado por Geraldo Alckmin (PSB) – que hoje é aliado dos petistas e vice-presidente eleito na chapa de Lula.