O movimento dos parlamentares de transferir a responsabilidade de "coordenar as atividades de inteligência federal" para o GSI havia sido vista pelo Palácio do Planalto como um recado de insatisfação com o ministro da Casa Civil, Rui Costa.
Lula também vetou o dispositivo aprovado pelo Congresso que transferia a Política Nacional de Recursos Hídricos do Ministério do Meio Ambiente para o Ministério de Integração e do Desenvolvimento Regional.
A mudança foi aprovada devido a articulação do centrão e da bancada ruralista para esvaziar Marina Silva, vista como entrave para implementação de políticas para o agronegócio.
Lula foi alvo de críticas pelo fato de a articulação política do governo não ter priorizado nas negociações com o Legislativo a manutenção da pasta de Meio Ambiente fortalecida.
A preservação da natureza se tornou uma das principais bandeiras do petista em seu terceiro mandato, principalmente em agendas internacionais.
Na mensagem enviada ao Congresso, Lula diz que os vetos seguiram orientação do Ministério do Meio Ambiente e que a questão da política de recursos hídricos é uma competência da política ambiental.
Em relação às atividades de inteligência, aliados de Lula minimizam o veto e acreditam que não causará ruído com o Congresso. Interlocutores do petista dizem que, desde o começo, não havia compromisso de sanção desse ponto.
O Executivo afirmou que fez o veto para evitar conflito de competência, uma vez que a Abin (Agência Brasileira de Inteligência), está na Casa Civil.